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Forts d’une longue expérience en biologie moléculaire et d’un accès à des équipements de pointe, le personnel de l’URT réalise des analyses qualitatives et quantitatives à partir d’acides nucléiques extraits de divers types de prélèvements cliniques. En fonction de vos questions, les experts de l’URT vous orienteront vers la solution méthodologique la plus adaptée.
Domaines d'expertise de l'URT
La quantification de l'expression des ARNm
Selon les projets, la quantification des ARNm est réalisée par RT-qPCR ou droplet digital PCR (ddPCR). La technologie de ddPCR mise en œuvre au niveau de l’URT utilise le système de PCR digitale en gouttelettes QX200™ (Bio-Rad) et présente de nombreux avantages par rapport à la RT-qPCR : elle permet l’analyse d’ARN dégradés, elle est moins sensible aux inhibiteurs, et plus reproductible, ce qui la rend particulièrement adaptée à la quantification d’ARNm issus d’échantillons FFPE. Par ailleurs, nous avons une expertise au niveau de la normalisation des niveaux d’expression.
Quantification d’un gène d’intérêt et d’un gène de référence par ddPCR
L’analyse de la méthylation de l'ADN
Diverses approches qualitatives (PCR méthyl-spécifique, séquençage) ou semi-quantitative (pyroséquençage) peuvent être mises en place et ce, en fonction du nombre de sites CpG à analyser.
Le criblage de mutations et l’analyse des SNP par HRM
Au sein de l’URT, nous dessinons les amorces compatibles avec la technologie HRM (High-Resolution Melting), mettons en place les contrôles et avons une expertise de l'analyse des courbes de fusion des amplicons.
Détection des mutations de l'exon 2 du gène KRAS par HRM
La caractérisation de mutations
En fonction du projet, les ingénieurs URT spécialisés en biologie moléculaire orienteront leur proposition et réaliseront des analyses par séquençage, pyroséquençage (Station PyroMark Q24, Qiagen) ou ddPCR.
L’analyse de polymorphismes de répétition
Le génotypage d'un polymorphisme de répétition au niveau d'une séquence microsatellite est réalisé par analyse de fragments fluorescents séparés par électrophorèse capillaire.
Génotypage du polymorphisme de répétition de l’intron 1 de l’EGFR
par analyse de fragments